La enfermedad celiaca (EC) ha sido asociada a varias enfermedades auto inmunes. Generalmente estas afecciones tienen carácter genético, esto permite detectar una misma enfermedad en familias enteras; en algunas ocasiones también se puede descubrir algunas otras afecciones relacionadas, como diabetes tipo 1, tiroiditis de Hashimoto, artritis reumatoidea, cirrosis biliar primaria, vasculitis, esclerodermia, colitis ulcerosa, etc.

En la diabetes tipo 1, que aparece en pacientes jóvenes insulinodependientes, esta bien determinado el rol del mecanismo auto inmune de la enfermedad pudiendo formar parte de síndromes poliendócrinos auto inmunes (APS),con compromiso de otras glándulas (tiroides, adrenal, hipófisis, etc.)

La asociación entre EC y diabetes puede ser el resultado de una interrelación de factores genéticos, hormonales e inmunológicos que comparten antígenos de histocompatibilidad, como HLA-B8, HLA-DR3.

En general, la aparición o la sospecha de EC es posterior al diagnostico de diabetes. Esta secuencia le permite al pediatra detectar precozmente la EC en la población de niños diabéticos, iniciar un adecuado tratamiento y prevenir las alteraciones nutricionales, como el retardo en el crecimiento pondoestatural y las complicaciones generales de ambas enfermedades.

Por otro lado, debido a que los pacientes celiacos pueden presentar una diabetes durante la evolución de la EC, su seguimiento debe de contemplar la realización periódica de controles de los niveles de glucemia.